En 1994 se funda el CUALTOS con el propósito de extender los servicios universitarios a una región que cuenta con más de un millón de habitantes. Si bien la zona se caracteriza por sus actividades agropecuarias, en años recientes ha visto incrementar la presencia de agroindustrias en sus centros urbanos.
La sede de este Centro Universitario está ubicada en Tepatitlán de Morelos.
Tiene como misión atender la demanda de servicios educativos que hay en los siguientes municipios del Estado de Jalisco: Acatic, Arandas, Cañadas de Obregón, Jalostotitlán, Jesús María, Mexticacán, San Julián, San Miguel el Alto, San Ignacio Cerro Gordo, Tepatitlán de Morelos, Valle de Guadalupe, Yahualica de González Gallo, Zapotlanejo.
El Centro Universitario se compone de dos divisiones; Estudios en Formaciones Sociales y Ciencias Biomédicas e Ingenierías, así como de cinco departamentos: Ciencias Sociales y de la Cultura, Estudios Organizacionales, Ciencias de la Salud, Ciencias Biológicas, Clínicas.
Ofrece 14 programas docentes, 13 de licenciatura y uno de maestría.
La población escolar es de 2,294 alumnos, 2,280 en Licenciatura y 14 en maestrías. Esta matrícula es atendida por 270 profesores, 59 de éstos son de tiempo completo, 12 Investigadores de tiempo completo, 24 son técnicos académicos de tiempo completo y 182 son profesores de asignatura.
La plantilla de académicos dedicados a la investigación es de 12 profesores-investigadores, siete de ellos pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores (SNI).
Como apoyo a las actividades académicas el centro universitario posee una biblioteca, con 19,874 títulos (42,235 volúmenes); y cuenta con 215 equipos de cómputo para servicio académico, mismos que están distribuidos en 3 laboratorios, 2 aulas virtuales y el área de préstamo de equipopara proyección en aulas de clase.
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